食品在存放過程中會發生一系列的物理化學變化，不適宜的存放條件可能使食物被微生物、外來化學物質污染或者發生自身化學反應，影響食物的風味甚至危害人體健康。例如真菌在食物的生產過程中(比如啤酒釀造、奶酪生產)起著積極作用，但是在食物的存放過程中也會對食物產生消極影響，特別是在溫暖潮濕的環境下會快速繁殖產生生物毒素。因此其早期的快速實時檢測發現就尤為重要。利用離子遷移譜來檢測芝士表面菌群生長前后的揮發性成分來判斷是否被污染。在真菌生長前IMS檢測到保留時間0.8、4.0.8.3min處有明顯信號峰，真菌生長后則4.0、8.3min處的信號峰消失，0.8min處的信號峰強度顯著降低，而在1.0、13.5、20.5min處出現新的真菌代謝產物信號峰，推測是由于真菌生長導致芝士原本揮發性成分的稀釋。結果表明離子遷移譜可用于控制有益菌的生長，檢測有害菌的代謝產物。肉類在存放過程中同樣會被細菌降解形成一些具有致癌作用的生物胺。

用離子遷移譜直接檢測雞肉汁中的三甲胺，方法檢測限為 (0.6+0.2) ng，結果顯示，存放天數不同、損壞程度不同的肉汁能被儀器快速區分出來。常用的2，4，6-TCA檢測方法是先收集樣品，再用離子遷移譜檢測，檢測限通常在1-100ng/L，食物中的多不飽和脂肪酸(PUFAs)，比如二十碳五烯酸(EPA)和二十二碳六烯酸(DHA) ，對人類健康有益。但其化學性質很不穩定容易受氧氣、溫度、光照和一些離子 (Cu、Fe等)的影響發生氧化反應而出現不良氣味目影響食物口感。用頂空自動進樣、離子遷移譜聯用的方法，對四種口味的牛奶和一種亞麻籽油中的脂肪酸氧化狀況進行實時檢測。毛細管柱連接在自動進樣器和離子遷移譜中間，起到初步分離揮發性物質的作用。結果顯示，裝置能快速有效地檢測到己醛、丁酮、丙酮、二甲基硫醚等主要的脂肪酸降解產物，檢測限在0.3-3.0g/L之間。進一步分析檢測不同溫度、氧氣和光照條件下各樣品存放36d內的變化，發現光對牛奶中脂質的氧化作用影響最大，而溫度則對亞麻油中脂質的影響最大。